Впервые начальная школа в с. Усть-Нюкжа открылась в 1934 г. Её директором стал выпускник Ленинградского педагогического института им. А.И. Герцена В.Н. Громов. Предполагалось начать учебный год с 1 сентября, но родители, считавшие, что эвенкам не обязательно учиться грамоте, а главные трудовые традиции — охота и оленеводство, детей в школу не отпустили и увезли их с собой в тайгу на оленеводческие стойбища. Это нарушало закон Советского правительства о всеобщем начальном образовании, и директору школы вместе с председателем сельского совета пришлось ехать на оленях на стойбища и вести разъяснительную работу с родителями о пользе знаний в жизни человека. После долгих уговоров удалось вывезти из тайги 19 детей. Так началась история нового учебного заведения. Уже в 1937 г. школа получила статус средней.

Сегодня в Усть-Нюкжинской СОШ обучаются 109 учащихся, из них 70 — дети эвенков. На базе МОАУ работают две экспериментальные площадки: муниципальная «Школа — центр традиционной культуры и народных промыслов коренных малочисленных народов севера» и областная «Культурологическая направленность образовательного процесса как основа функционирования кочевой школы для детей коренных малочисленных народов севера».

Учреждение имеет свой учебно-производственный участок, а также конный двор, где разводят лошадей якутской породы. Преподаётся курс основ оленеводства и охотоведения. Работает кочевая школа, о которой в 2008 г. был снят фильм французской съёмочной группой при поддержке швейцарской фирмы «Rolex».

Более 35 лет функционирует краеведческий музей под руководством В.Ф. Иванищенко, один из лучших школьных музеев области. Национальный ансамбль «Гудяй дуннэ» Усть-Нюкжинской СОШ имеет статус народного. 18-летний юбилей в 2012 г. отметила команда КВН «Мистер Ха», во главе с А.Б. Бреевым и Э.В. Бреевым, ставшая неоднократным победителем районных и региональных игр КВН. С 2008 г. существует туристско-спортивный клуб «Пернатые». Учреждена организация ученического самоуправления «Нюкжа». Созданы учебные объединения спортивной направленности: «Национальные виды спорта» и «Самбо». Сборные команды школы по различным видам спорта неоднократно добивались побед на районном, региональном и межрегиональном уровнях. На базе школы проходят открытый межрегиональный фестиваль национальных видов спорта и открытый межрегиональный туристический слёт. Воспитанники учреждения реализуют долгосрочные социальные проекты «Ветеран» и «Обелиск».

Многочисленные дипломы, грамоты, благодарности за успешный труд по всестороннему развитию детей — один из показателей работы Усть-Нюкжинской СОШ. Её проекты вошли в десятку лучших на региональном конкурсе инновационных проектов развития образования. Коллектив школы отмечен грамотой за победу в районном этапе областного конкурса по направлению «Лучшее образовательное учреждение», дипломом управления образования Тындинского р-на за лучшую организацию физкультурно-оздоровительной и спортивно-массовой работы. Педагоги МОАУ — победители конкурсов в рамках ПНП «Образование» (Н.П. Костылёва, Э.В. Бреев, Л.А. Замогильная). 23 учителя преподают в школе — обладатели высшей, первой и второй квалификационных категорий, сотрудники, отмечены почётными грамотами Министерства образования и науки РФ, Министерства образования и науки Амурской обл.

С 2009 г. учреждение возглавляет Эдуард Викторович Бреев. В Усть-Нюкжинской СОШ он работал учителем физической культуры, заместителем директора по воспитательной работе, по учебно-воспитательной работе. Эдуард Викторович — отец четверых детей. Под его руководством школа превратилась в социокультурный центр села, на базе которого проводятся все культурно-массовые и спортивные мероприятия. Воспитанники СОШ приобретают навыки организации и ведения самостоятельного северного хозяйства — важные, нужные и ценные для их малой Родины.