В 2019 году образовательное учреждение отпразднует 60-летний юбилей. История государственного казённого общеобразовательного учреждения для детей, нуждающихся в длительном лечении, «Уфимская санаторная школа-интернат №2» началась в 1959 году.   
Санаторная школа-интернат №2 создана для реабилитации и дальнейшего обучения детей с затухающими и закрытыми формами туберкулёза, а также находящихся в группе риска – тех, у кого были контакт с туберкулёзными больными, вираж туберкулиновой пробы. За годы существования школы-интерната здесь обучились и получили санаторное лечение более
6 тысяч подростков.
Сегодня Уфимская санаторная школа-интернат №2 – это 8 классов (2–9), всего около 200 обучающихся. Большинство из них дети из многодетных, неполных семей, многих воспитывают опекуны.
Помимо получения начального и основного общего образования учащиеся со всей Республики Башкортостан, живя в школе-интернате, бесплатно получают сбалансированное пятиразовое питание, регулярно поправляют здоровье в детском противотуберкулёзном санатории «Толпар» (г. Бирск, Республика Башкортостан). Также в учреждении действует кабинет физиотерапии и соляная шахта. В 2017 году Уфимская санаторная школа-интернат №2 выиграла грант на приобретение нового медицинского оборудования для кабинета физиотерапии. Благодаря этому учащиеся получили возможность оздоровления в более современных условиях. Здесь же необходимо упомянуть детский санаторий в городе Евпатории (Республика Крым), куда учащиеся ГКОУ УСШИ №2, находящиеся без попечения родителей, ежегодно направляются за счёт средств Республики Башкортостан.
Для организации полноценного досуга, воспитания гармонично развитой личности в образовательном учреждении на высоком уровне развита внеурочная деятельность. Более 80% учащихся заняты в различных кружках и секциях по следующим направлениям: спортивно-оздоровительному (секции волейбола, футбола, настольного тенниса, исторического фехтования), военно-патриотическому (в рамках сотрудничества с общественной организацией «Хуторское казачье общество «Бельское казачество» города Уфы Республики Башкортостан»), художественно-эстетическому (швейный, вязальный, театральный кружки), а также в предметных кружках «Увлекательная грамматика», «Мастерица», «Юный информатик», «Ментальная арифметика», «Занимательная математика» и др.
Всех этих показателей невозможно было бы достичь без помощи высокопрофессионального педагогического коллектива. На сегодня в образовательном учреждении работают 45 педагогов. В их числе 19 учителей, 17 воспитателей и 9 прочих педагогических работников, 15 из которых имеют высшую квалификационную категорию, 12 – первую, один – степень кандидата наук, трое – звание «Отличник образования».
В 2018 году Уфимская санаторная школа-интернат №2 вошла в пятёрку лучших школ-интернатов Республики Башкортостан.