Поликлиника основана в 1969 г. как медицинская санитарная часть (МСЧ) по обслуживанию работников КСК (комвольно-суконного комбината) г. Костаная. В феврале 1977 г. произошло объединение МСЧ с городской поликлиникой №3.

Сегодня Костанайская городская поликлиника №3 – это современное медицинское учреждение с развитой инфраструктурой и мощным кадровым потенциалом, отвечающее требованиям прогрессивных реформ здравоохранения Республики Казахстан. В своём составе имеет центр семейного здоровья, консультативно-диагностическое отделение, административно-хозяйственную часть, обслуживает население всей северной части города – более 61 тысячи человек, имеет мощность 600 посещений в смену.

С февраля 2013 г. возглавляет поликлинику Манарбек Молдагалиевич Ахметов. С его приходом был основательно изменён менеджмент работы. Впервые в поликлинике внедрена практика семейного врача. Открыты и функционируют 13 участков ВОП (врачей общей практики), что составляет 50% всей участковой службы. С нуля было начато и уже завершено совершенствование организации работы отделения профилактики и социально-психологической помощи. В настоящее время в поликлинике открыты и функционируют 11 школ здоровья и клубов. Прошли курсы переподготовки, то есть овладели второй смежной специальностью, 16 врачей: по неврологии, офтальмологии, маммологии, инфекционным заболеваниям, гастроэнтерологии, эндокринологии, эндоскопии, проктологии, лучевой и УЗИ-диагностике. Проведена модернизация работы регистратур и дополнительно к двум существующим были  открыты ещё две регистратуры: для пожилых и участников ВОВ и беременных женщин.
В 2014 г. полностью закончен капитальный ремонт здания и созданы прекрасные условия для работы сотрудников и пребывания пациентов. В поликлинике значительно улучшился кадровый состав: за  2013–2016 гг. приняты на работу 52 врача, в том числе 18 молодых специалистов, которым была оказана материальная помощь (подъёмные) в размере 250 тысяч тенге. Также не имеющим своего жилья молодым специалистам ежемесячно оплачивается 50% стоимости аренды жилья.

Функционирует официальный интернет-ресурс (сайт) поликлиники, где теперь кроме онлайн-записи на приём к врачу и вызова врача на дом можно записаться в электронную очередь в процедурный кабинет, на приём в кабинет флюорографии, заказать рецепт на дом и воспользоваться услугой «заказ обратного звонка». На сайте доступен блог главного врача, рубрика «Вопрос – ответ» со всеми интересующими пациентов вопросами.

За 2014 г. значительно улучшился показатель оснащённости поликлиники медицинским оборудованием: были приобретены эндовидеоаппараты для гастроскопии и колоноскопии, стоматологическое оборудование, аппаратура для кабинета окулиста, ЭКГ-аппараты, в т.ч. передвижные для проведения ЭКГ-исследований на дому, аппаратура в лабораторию и для дезинфекции, которая позволяет проводить дезинфекцию в присутствии медработников и пациентов; с нуля создан стоматологичекий кабинет. Значительно улучшились индикаторы работы поликлиники и повысилась удовлетворённость населения медицинскими услугами, таким образом вырос рейтинг поликлиники среди лечебных учреждений области.

По итогам 2013–2014 гг. общереспубликанского ранжирования по ОКЭД коммунальное государственное предприятие «Поликлиника №3 города Костаная» удостоено национальных сертификатов «Лидер отрасли – 2013» и «Лидер отрасли – 2014», награждено медалями «Лидер Отрасли – 2013» и « Лидер Отрасли – 2014».

Создание современной материально-технической базы, сохранение традиций коллектива – часовых здоровья – залог того, что жители г. Костаная будут и впредь получать качественную медицинскую помощь.