Исследуя неповторимую природу Илийской межгорной котловины, учёные Академии наук Казахстана в начале 1970-х гг. пришли к выводу о необходимости организации здесь особо охраняемой территории. Поначалу предлагалось открыть национальный парк «Илийская долина» площадью 500 тыс. га, который располагался бы в Кербулакском и Панфиловском районах Талдыкурганской обл. (ныне на территории ГНПП «Алтын-Эмель»), а также в Чиликском и Уйгурском районах Алматинской обл. (сейчас часть этих земель занимает Чарынское ГНПП). Такое предложение было подготовлено научным советом по проблемам биосферы Казахстанского комитета «Человек и биосфера» (МАБ, ЮНЕСКО) и одобрено на заседании комиссии по охране окружающей среды Совета министров КазССР, коллегии Госплана КазССР и секции «Научные основы заповедного дела в Казахстане».

В апреле 1996 г. постановлением Правительства РК в целях сохранения уникальных природных комплексов средней части Илийской долины, флоры и фауны горных систем Шолак и Дегерес был создан государственный национальный природный парк «Алтын-Эмель». Парк развивался и сегодня его территория составляет более 161 тыс. 153 га. В ближайшее время эту площадь планируется увеличить до 307 тыс. 653 га. Общая охранная площадь составляет 520 тыс. га. В 2007 г. руководство передано в Прибалхашский государственный заказник площадью 503 тыс. га. В 2014 г. также передано в руководство Верхнего Коксуйского заказника площадью 240 тыс. га. Таким образом территория государственного национального природного парка «Алтын-Эмель» составляет 1 млн 263 тыс. га. Он расположен в Илийской полупустынной области Или-Балхаш-Алакольской пустынной впадины. Северная граница ГНПП «Алтын-Эмель» проходит вдоль юго-западных отрогов хребта Алтын-Эмель, состоящих из тянущихся с юго-запада на северо-восток горных массивов Шолак, Дегерес, Матай, Алтын-Эмель. На западной границе предгорья Шолак почти доходят до поймы реки Или, оставляя узкий вход в долину. Восточная часть парка распологается по пойме реки Коктерек, впадающей в реку Или. Южную границу образуют побережье Капчагайского водохранилища и пойма реки Или.

«Коллектив парка, включая инспекторский состав Прибалхашского госзаказника, составляет 79 человек, большинство из которых имеют высшее или среднее специальное образование. Для повышения квалификации сотрудников регулярно проводятся научно-практические семинары, – рассказывает директор К.О. Баядилов. – Специалистами активно ведётся научно-исследовательская работа по наблюдению и изучению явлений и процессов в природном комплексе по программе «Летописи природы»; по исследованию экологии и состояния популяций редких копытных (кулан, джейран, архар) и птиц; по инвентаризации флоры, лекарственных и редких видов растений. Одним из значимых результатов этой работы стало открытие в 2013 г. нового вида тюльпана – тюльпана Иващенко, названного в честь известного учёного-ботаника Казахстана».

На территории нацпарка расположены более 10 объектов историко-культурного и природного наследия: некрополь из 31 кургана «Бесшатыр» царских могильников сакской эпохи VI-IV в. до н. э.; петроглифы «Тамбалытас» (наскальные изображения животных, людей и сцен охоты эпохи бронзы), найденные в горах Шолак; каменные стелы «Ошактас», на которых, по легенде, воины Чингиз-Хана располагали огромный котёл, готовя себе пищу; «Поющие барханы»; «Лунные горы» Актау; лавовые горы Катутау; 700-летняя ива; редкая туранговая роща и другие.

В ГНПП «Алтын-Эмель» активно развивается экологический туризм. К услугам посетителей туристические маршруты, охота, рыбалка, гостиницы, охотничьи домики, палатки, юрты, также предлагаются национальные блюда и сакские бани (на камнях). Коллектив парка ставит перед собой задачи по сохранению уникальных экосистемы, флоры и фауны Илийской межгорной котловины, охране памятников истории и культуры, развитию экотуризма, ведению научно-просветительской деятельности.